가이에다 함장의 잠수함 ′야마나미 호′가 러시아 핵 잠수함과의 충돌로 침몰하는 끔찍한 사고가 일어난다. 그러나 사실은 그것은 미-일 양국 군이 극비리에 건조한 핵 잠수함에 그들을 탑승시키기 위한 위장이다. 그런데 가이에다 함장은 승무원과 함께 잠수함을 탈취하여 그 잠수함이 "야마토"라 불리울 독립국가가 될 것임을 세상에 공포한다. 그는 핵잠 야마토가 핵무기가 없는 국가들에게 군사적 지원을 제공함으로써 국제 정치에 군사력의 영향을 없앨것이고, 그렇게 함으로써 지구상에 전쟁을 없애고 언젠가는 세계가 하나의 국가가 되는 데에 기여할 수 있을 것이라고 믿는다.